Classé en Réserve Naturelle Régionale en 2008, le Polder de Sébastopol est géré par la Communauté de Communes de l'île de Noirmoutier qui en est propriétaire. En partenariat avec le Conseil Régional qui finance 40 % du montant des actions, un plan de gestion est établi tous les six ans après avoir été validé par le Comité Consultatif qui regroupe de nombreux partenaires institutionnels et structures locales.
D’une superficie de 133 hectares, le Polder a été inclus au périmètre du site classé « passage du Gois, Ile de la Crosnière et Polder de Sébastopol » en raison de ses caractéristiques paysagères et écologiques remarquables.
Le Polder est un site original où se côtoient milieux terrestres et aquatiques aux salinités variables. Parmi ses fonctions écologiques, l’accueil des oiseaux d’eau représente l’enjeu majeur, aussi bien en période de reproduction qu’en migration ou hivernage.
On peut ainsi observer au printemps l'avocette élégante, l'échasse blanche, le chevalier gambette, les sternes pierragarin et caugek, les mouettes rieuses et mélanocéphales ; avec plus de 4000 couples en moyenne depuis plusieurs années, la colonie est l’une des plus importante de France.
Les limicoles, bécasseaux, pluviers, barges et courlis prennent le relais en période migratoire et hivernale avec plusieurs milliers d’individus qui viennent se reposer à marée haute par grands coefficients.
Le saviez-vous ?
Plus de 18 habitats naturels ont été inventoriés dont 13 d’intérêt européens. Ils sont principalement liés à la présence d’eau salée : lagunes salées, prés salés, mares à salicorne…
Plus de 410 espèces végétales ont été répertoriées.
Plusieurs groupes d’invertébrés ont fait l’objet d’un inventaire scientifique : araignées (plus de 220 espèces), papillons (plus de 350 espèces), une vingtaine d’espèces de libellules, coccinelles, punaises.
Une vingtaine d’espèces de poissons colonisent le réseau hydraulique, la réserve jouant le rôle de nurserie pour des espèces marines. L’anguille fréquente également la réserve.
3 espèces de batraciens sont présentes dans les mares et fossés, et 3 espèces de reptiles utilisent les murets de pierres positionnés à différents endroits de la réserve.
Plus de 200 espèces d’oiseaux ont été observées, dont environ cinquante sont nicheuses. Parmi celles-ci, la sous-espèce "namnetum" du gorge bleue à miroir blanc (taxon endémique), le pipit farlouse ou le bruant des roseaux sont des passereaux d’intérêt patrimonial.
24 espèces de mammifères ont été inventoriés, dont la loutre d’Europe et le campagnol amphibie dont la population est particulièrement dense sur la réserve.